Квай-Гон проповедовал Силу Жизни, а не Света, как члены Ордена Джедаев, поэтому его решения и суждения не нравились Ордену. В каком-то смысле он не был Светлым джедаем, но не был и Тёмным. Йода в разговоре с Оби-Ваном говорит ему : «Своеволен ты как и Квай-Гон…», это означает, что Йода и Квай-Гон, не совпадали во мнениях, но Йода ни разу не почувствовал в Квай-Гоне Тёмной Стороны

В целом проявленное своенравие возможно сыграло с Квай-Гоном злую шутку: нежелание прислушиваться к суждениям Йоды и других Магистров помешали ему увидеть собственную ошибку, определившую судьбу Галактики на столетия вперед. Именно Квай-Гон находит на планете Татуин Энакина Скайуокера. У мальчика обнаруживается невероятный потенциал в связи с нахождением в крови большого количества мидихлорианов. Происхождение Энакина осталось загадкой, мать мальчика не пожелала распространяться об отце («Я сама его выносила!»). Квай-гон сделал вывод, что ребенок был зачат самой Силой. Квай-Гон признавал, что судьба Энакина — восстановить баланс Силы, и трактовал это как полную победу над Ситхами. В нарушение решения Совета он завещал Оби-Вану обучить Энакина. Выросший Энакин действительно уничтожил последнего Ситха, но не так как это от него ожидали — сначала он перешел на Темную сторону Силы и стал причиной гибели огромного множества джедаев. К оригинальной трилогии (Эпизоды 4-6) Ситхи пришли в составе двух Лордов — Дарта Сидиуса и Дарта Вейдера,а около сотни джедаев оказалось раскидано по всей галактике, причём магистров из них осталось только двое: Йода и Оби-Ван Кеноби.

Вместе с тем благодаря особенностям освоенных техник владения Силой и концепции Живой Силы стал первым джедаем, сумевшим продолжить жизнь после гибели телесной оболочки. Об этом говорит Йодав конце эпизода «Месть ситхов». До Квай-Гона подобные техники были доступны только Ситхам.

Характер

Чаще всего, он не подчиняется или подчиняется не до конца приказам Совета Джедаев, не считает нужным поддерживать установленные Орденом правила (вплоть до таких мелочей, как длина волос; в то время как рыцари-джедаи носят, как правило, коротко остриженные волосы, Квай-Гон предпочитает ходить с длинными волосами), действует по своему мнению, более привержен к так называемой Живой стороне Силы, чем другие джедаи.

Квай-Гон Джинн очень восприимчив к голосу Силы и великолепно находит общий язык с любыми формами жизни. Он сосредоточен на настоящем времени, и, хотя многие называют его безрассудным человеком, он всего лишь следует своим инстинктам и доверяет судьбе. Хотя годы его расцвета уже миновали, Квай-Гон остается весьма деятельным рыцарем-джедаем и одним из лучших воинов в Галактике.

Последний бой и смерть

На Татуине во время короткой схватки с Дарт Молом смог опознать в нём адепта Тёмной стороны —ситха. Немного позже вместе со своим падаваном Оби-Ваном Кеноби принял бой в королевском дворце на планете Набу. Во время тяжёлой схватки он пропустил один удар забрака, который пронзил его насквозь. К несчастью, Квай-Гон погиб, перед смертью завещав своему падавану обучить Энакина Скайокера. И сказав ему, что он «уже стал рыцарем-джедаем».